waters  MassLynx色谱图和质谱图查看与处理

MassLynx中，数据采集完成后，要对谱图进行查看与处理，本文为您介绍MassLynx色谱图和质谱图查看与处理。

Part I色谱图查看

打开色谱图：

在Sample list中，选中要打开的色谱图序号（可以是一个，也可以是连续多个），单击Chromatogram，色谱图会显示。图中一般包括色谱峰强度、保留时间、数据类型、离子化方式等信息。

谱图放大：

按住鼠标左键在色谱图上拖动一段距离，松开左键，可放大色谱图，单击恢复键 ，可回到初始范围。

显示不同项目下的色谱图：

首先打开一张色谱图，然后左上角点击File > Open。从文件名列表中选择需要的另一张色谱图，选中Add，点击OK。

删除一个色谱图：

单击要删除的色谱图，确保图的左侧有一个彩色的小方块，按Delete键，单击 OK 就可将其删除。

局部放大色谱图，微调放大倍数：

用左键选择一段区域，用magnify（放大键） 放大色谱图，单击恢复按钮恢复 ，在放大部分的上部会显示放大倍数。

微调：

• 双击放大倍数，出现对话框；

• 在 From 到 To 的区域里输入要放大的区域；

• 在 By 后面输入放大倍数，单击 OK。

在色谱图窗口添加文字：

在工具栏单击A，鼠标左键在色谱窗口中空白区域单击一下，出现 Edit Text String对话框，在Text区域输入要输入的内容，在上面部分选择显示方式，单击OK。

提取质量色谱图：

菜单栏>Display > Mass，出现质量色谱图窗口，单击 Select All > OK，所有色谱图将会显示。或双击预显示的离子通道，也可以把两个通道的质量色谱图进行叠加（ch1+ch3）或相减(ch3-ch1)，之后点击OK。

窗口右下方有几个选项：

• Add trace: 新打开的图会加到目前色谱图的窗口中；

• Replace trace: 新打开的色谱图会替换原来的色谱图；

• New window: 新打开的色谱图会在新的窗口中显示；

• File: 可显示另外一个文件中的色谱图。

改变色谱图排列顺序：

选择色谱图，确保图的左侧有一个彩色的小方块，菜单栏> Display>Move to Last 或Move to First。

重叠色谱图，纵轴不关联：

菜单栏>Display>View>勾选Overlay Graphs，不勾Link Vertical Axies，所有色谱图会重叠，但纵轴不关联。

重叠色谱图，纵轴关联：

菜单栏>Display>View>勾选Overlay Graphs和Link Vertical Axies，所有色谱图会重叠，纵轴关联。

显示TIC图：

单击 restore TIC 工具 ，可显示整个TIC图。

改变X轴显示方式：

色谱图的X轴有两种显示方式：按保留时间或按扫描数，可通过Display > View > Horizental Axies选择Time/Scan来切换，一般色谱峰数据点要求:定量>12点，定性>5点。

色谱图峰顶显示信息：

选择 Display > Peak Annotation. 峰顶可显示 peak top time, peak top scan, peak response height and peak response area.等，或他们的任意组合。

对齐色谱图：

当质谱前串联紫外检测器时，紫外谱图与质谱图保留时间会有一定的偏移，如果要对齐两张色谱图，选择Display>Range>Align>输入offset time>OK，谱图将被对齐。

色谱图上添加标题：

选择 Display > View.> 单击 Header >上面空格为标题的位置，下面为标题的内容. 例如选中左角位置的空格，下面选择. Raw Data Date，单击  Add ，单击OK。谱图左上角将会显示数据采集日期。

Part II色谱图处理

色谱图平滑：

选择 Process > Smooth. 输入平滑参数，单击 OK。推荐窗口用2，次数用1。如果平滑效果不佳，可以增加次数。对于质量色谱图，平滑方法（Smoothing Method）选择Mean（平均）。

色谱图标准积分：

选择 Process > Integrate，在 Integrate chromatogram 窗口中，需要用户输入 Peak-to-peak noise amplitude。 这个值可用鼠标的右键在噪音位置拉一段来自动输入。 Peak-to-peak noise amplitude 值输入后，单击 Peak detect，输入合适的值，单击 OK。推荐先用默认值，单击 Threshold，输入阈值。

Relative height/Relative area: 删除那些峰面积或高度是最高峰特定比例下的峰，Absolute height/Absolute area: 删除面积或高度是某特定值的峰。 单击 OK 积分色谱峰。

色谱图ApexTrack积分：

选择 Process > Integrate，在 Integrate chromatogram 窗口中，勾选ApexTrack，单击 Peak detect，基线噪音和峰宽均选自动检测，输入 Baseline Start 和 End Threshold% 的值，推荐的基线起始和结束百分阈值是0和0.5，单击 OK。另外标准积分和Apex积分都推荐勾选平滑，平滑参数同上。

手动积分-编辑已监测到的峰：

Edit > Integrated Peaks。删除一个峰：用右键在要删除的峰上单击，或者从 Peak Tops 列表中用左键选择要删除的峰，单击 Delete；

要加一个新的峰：在 start 和 end 处输入新的基线，或用右键拉一段，单击Add按钮，Peak Information 显示了新积分到的峰的信息，单击 OK确认。 

色谱图信噪比：

选择 Process > Signal-To-Noise用鼠标的右键拉进信号和噪音范围；其它参数参考默认设置，单击 OK，信噪比的数值会显示在峰顶。可以用两种方法显示信噪比：RMS和Peak to Peak。

Peak to Peak是信号和噪音均值的比值，RMS是信号和噪音均方根的比值，通常RMS算出来的值是Peak to Peak的5倍。 

Part III质谱图查看

质谱图局部放大：

选择 Display > Range > Magnify，在 From 和 To 输入要放大的区域，在 By 后面输入放大倍数，单击 OK。

质谱图局部放大多个区域：

选择 Display > Range > Magnify. 在 From 和 To 输入要放大的区域，在 By 后面输入放大倍数,在 Range 选择不同的放大区域，最多可选5个，单击 OK。单击 delete magnification工具 ，可把放大的部分恢复。

质谱峰顶显示信息：

选择 Display > Peak Annotation，可选择峰顶显示的信息。

峰顶信息的类型:

• Decimal Places: 质量数的小数点位数，0-4；

• Mass: 质量数；

• Intensity: 强度；

• Delta Mass: 该峰与参比峰的质量数的差值，在后面空格中输入参比的质量数；

• Annotation Threshold Parameters: 显示峰信息的阈值；

• % Full scale: 输入基峰的高度的百分比，默认值为1；

• Intensity:  输入绝对强度阈值；

• Level:  决定在色谱图中标签的个数，分为高，中，低。

在质谱图中增加文字描述：

单击 Add Text 按钮 ，用鼠标左键在质谱图的空白区域单击，在 Edit Text String 中输入要显示的内容。

Part IV 质谱图处理

质谱图加和平均

用鼠标右键在色谱图需要加和的扫描数范围内拉一段，即显示的是加和之后的平均质谱图。

质谱图加和平均并扣除本底：

Process > Combine，鼠标右键在出峰位置拖动一段，扫描点会自动输入Averange，代表用于平均的扫描点，用鼠标右键在前噪音拖动一段，扫描点会自动输入Substract，如果需要扣除两段本底，用鼠标右键拖动一段后噪音，扫描点也会自动输入Substract，单击 OK，即显示扣除本底的质谱图。