软件功能

用于多序列比对、pcr 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等，几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。

第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏,第三栏为浏览器栏,

在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN?提供20个Channel，点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。

下载地址   https://pan.baidu.com/s/1b5L3QTPVf-6EaJwMUO1VXQ?pwd=pas3 

多序列比对

单击菜单→【Sequence】→【Alignment】→【Multiple Sequence Alignment】，在Sequence窗口中选择DNA或者蛋白选项，点击【Channels】进入Selection窗口，选中需要比对文件所在的channel，点击【OK】加载序列，然后在Sequence窗口中点击【下一步】进入比对方法窗口，这里选择默认的比对方法。

比对完成后的结果如下，不同的颜色表示不同的比对情况，

如绿色表示其中两条序列比对上，红色表示3条序列比对上，黑色则表示4条序列都比对上。

比对结果通常以图片形式展示，方法是选中需要显示的序列，Ctrl+C复制，在左上角出现的窗口中选择Graph格式，然后粘贴到Word或者PPT等文件中即可。

如果要用比对后的文件做后续的分析，则单击菜单→【File】→【Save As】，保存成.msd文件，可以用于构建进化树等分析。

2 酶切位点分析

加载序列后，单击菜单→【Restriction】→【Restriction Analysis】，选择需要分析的酶切位点，点击【完成】即可。

分析结果会给出序列上酶切位点的具体位置，也会给出相应的示意图。

3 引物设计

加载序列后，单击菜单→【Primer】→【Design PCR Primers for DNA】，引物设计的选项与在线的Primer3相似，主要选择PCR产物长度、正/反向引物的范围和引物长度等参数。给出的结果中包含引物位置、引物序列和Tm值等信息。

关于DNAMAN的常用功能就介绍到这里，另外DNAMAN还可以用于序列同源性分析，画质粒模式图等等，在此不做进一步的介绍。