尔云间  一个专门做科研的团队

原创 小果 生信果

小伙伴们好啊，小果今天遇到了见麻烦事，这件事就是小果辛辛苦苦找到了需要的癌症数据集，但是没有正常样本，而小果的这个分析是离不开正常样本的，那这应该怎么办呢？

小果不能卡在这里啊，于是小果找到了一个专门有正常样本的数据库，这就是GTEX数据库

GTEx，全称Genotype-Tissue Expression。这个数据库和TCGA和ICGC不同的是，TCGA和ICGC更多的还是肿瘤相关的数据，而GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序，所以GTEx数据库包括的就只是 正常人的数据。

这个数据集的用处呢，一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢，就是和TCGA联合使用。由于TCGA重点收集的还是癌症组织的数据，对于其正常的数据收集的相对来说较少，由于正常样本少所以对于差异表达的结果可能就不是很准确。这个时候如果我们把GTEx的数据纳入进来。这样分析的结果就会准确一些了。

那么如何获取数据呢，一个比较简便的方法，就是通过http://xena.ucsc.edu/这个数据库下载，这里的DATA SETS里有GETX这个数据链接。

一般我们需要的是表型和表达量，我们拿到的数据是整个的数据集，里面有各个组织，需要根据需要来选择。

这个数据库还是比较简单的，把需要的数据集文件下载下来就可以了，USCS Xena有整理好的文件，很是方便。

好了，今天的内容就是这样了，有什么问题欢迎来和小果分享讨论啊。

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