武装突袭3作为武装突袭系列的第四部作品，沿用了前几作的阵营系统。阵营被分为蓝，红，绿三大军事阵营，以及不参加战斗的平民。

在武装突袭系列游戏中，蓝方阵营一般包括泛西方武装力量。与红方敌对，与绿方可能友好或敌对。

NATO(北大西洋公约组织)

全名North Atlantic Treaty Organization，简称北约。美国于二战后成立的军事联盟，成员包括美国/加拿大以及部分西欧国家。该组织的成立以及西德的加入使得苏联成立了华约组织。随着苏联的解体，部分华约/前苏联成员国加入了北约。

随着2021年经济危机的爆发，北约逐渐失去了在许多地方的影响力，也不得不关闭在那些地方的军事基地。同时东方国家乘势崛起，成立了强大的CSAT，并接纳了许多曾经受北约影响的国家。多年以后，随着局势的日益紧张，美军开始积极恢复军备，以面对可能的威胁。

本作中，北约在地中海的阿尔蒂斯、南太平洋的塔诺亚群岛和东欧的利沃尼亚部署有美军部队。

Task Force Aegis(神盾特遣队)

2030年耶路撒冷停火协议后，部署在阿尔蒂斯和斯特拉蒂斯共和国的维和部队，指挥官为Mackinnon上校。该部队由小部分美军、英军和AAF部队组成，负责监督AAF和新建立的FIA之间的停火。装备只有MRAP、重卡、直升机和防空炮。随着北约与AAF关系的恶化，特遣队的活动范围缩小至斯特拉蒂斯岛，其英国籍士兵更是全部撤出。

2035年，正当剩下的美军士兵准备全部撤出时，AAF突然对全岛的美军士兵发动了袭击。特遣队很快就被打的溃不成军，只有小部分幸存者躲进了森林。由于Mackinnon上校遇刺身亡，CTRG第14小组的队长Scott Miller接过了指挥权，带领幸存者们抵抗岛上的AAF，并尝试与美军地中海指挥中心联络。

在付出了惨痛的代价后，Miller自称已经联系上了美军地中海指挥中心，并让幸存者们驾船撤出斯特拉蒂斯岛。就在幸存者们认为终于可以松一口气的时候，一架轻型攻击机突然出现在上空。强大的火力将幸存者的船掀翻，绝大部分的美军士兵掉进了海里，只有一名下士被冲到了阿尔蒂斯西岸的沙滩上——他就是Ben Kerry，神盾特遣队的唯一幸存者。

111th Infantry Division(第111步兵师)

在美军地中海指挥中心了解到AAF袭击美军维和部队的情况后，美军派出了该部队全面进攻阿尔蒂斯岛。指挥官为David Armstrong上校，代号Crossroad。该部队除了使用一些先进的空中载具以外，还有许多从以色列等国引进的装甲车辆。

在进攻阿尔蒂斯之前，111师先派遣了第21旅战斗小组进攻先前由弯刀军团占领的摩尔登岛。随着摩尔登岛重新落入美军手中，美军舰队得以进入直布罗陀海峡，斯特拉蒂斯岛随后也被美军夺取。

在夺取了斯特拉蒂斯岛后，111师便在FIA的帮助下开始了声势浩大的入侵行动。在对主机场的进攻被搞砸后，Armstrong上校在Altis发现了神盾特遣队的唯一幸存者Kerry，并从他口中得知"英军特种部队"在英军撤出后仍然在岛上活动。随后Armstrong便让Kerry回到斯特拉蒂斯岛上换回美军装备并加入111师，作为北约和FIA之间的联络人，代号Nomad。在美军和FIA的共同努力下，主机场被顺利夺取。

虽然阿尔蒂斯岛的西侧被美军顺利夺取，但对东侧的进攻显得非常困难。于是，第21旅战斗小组成员便坐进了装甲车，由黑鱼VTOL飞机投放至阿尔蒂斯的东岸。"钢铁天马"任务便开始了。

任务看似简单，但实际上困难重重。机队刚飞到东岸上空时，多架黑鱼便被防空火力打了下来。部分装甲车因此瘫痪，车内部分成员也因此殒命。尽管遭受了严重损失，但第21旅战斗小组奇迹般的坚持了下来，与111师成功会师。

过了不久，AAF便兵败如山倒，最终不得不投降。战后，北约与CSAT合作建立了一支新的维和部队，并开始调查AAF攻击神盾特遣队的原因，但一直没有结果。

Carrier Strike Group 14

为了更有效地进攻阿尔蒂斯，美军出动了第六舰队，包括USS Freedom航母和多艘USS Liberty驱逐舰。CSG14的舰载机和直升机从航空母舰上起飞，为岛上的美军提供各种支援，或者对敌军进行外科手术式打击。

其他地区

顶尖协议事件后，美军在塔诺亚群岛部署了维和部队，负责协助当地的宪兵队消灭残存的辛迪加匪徒和游击队。后因疟疾的肆虐而被迫撤出，由CSAT太平洋部队取代。

美军在东欧的利沃尼亚也有部署部队，为当地的部队提供训练和技术支持。

CTRG (战术研究小组)

全称Combat Technology Research Group。北约的绝密武装部队，主要负责进行各种黑色行动，包括但不限于刺杀、机密窃取和间谍行动。北约和任何正规军都不承认该组织的存在。

第13小组

关于第13小组的信息非常少，据可靠情报称他们最近在斯特拉蒂斯岛上的Kamino靶场进行射击训练。

13小组的成员国籍和装备与15小组基本一致，仅有的不同之处就是使用和14小组类似的地中海CSAT迷彩。

第14小组

第14小组由Scott Miller领导，成员基本上都是英国人。自阿尔蒂斯内战伊始就已经在岛上活动，为政府支持者提供各种武器。在耶路撒冷停火协议后，14小组继续为政府支持者的继承者FIA游击队提供各种各样的支持，同时也在调查CSAT的机密科研项目——东风设备。

剧情中的大量细节强烈地暗示了CTRG的14小组要为各种事情负责:神盾特遣队被全歼(注意剧情开头降落在Maxwell的直升机)、Mike-26被毁(其实是防止幸存者联系上美军地中海指挥中心)、主机场进攻失败，以及B结局中111师被CSAT部队摧毁。它们无不应证了米勒的一句话:"我们需要更多时间。"他们干了那么多事，就是为了获取这些设备。 另外，在Oreokastro城堡遗落的北约弹药壳，也暗示了米勒是摧毁Oreokastro村的主谋。在A结局(真结局)中，CSAT精英部队在遭受了严重损失后成功把东风设备运出了阿尔蒂斯，14小组没能完成任务，之后前往塔诺亚帮助15小队。

2038年，随着疟疾的爆发，CSAT部队取代北约部队驻扎在了塔诺亚群岛上。代号Keystone的Miller和法国外籍军团的老兵Santiago一起调查疟疾的真相。

前往塔诺亚群岛前，14小组主要使用黑色涂装的MX系列步枪，但也有一些队员使用SPAR系列、Mk18、MAR-10等武器。其中前去指挥对Oreokastro的进攻的小队使用SPAR-16步枪。14小组成员的服装材质和美军军装一样，但使用英国国旗和地中海CTRG迷彩。到达塔诺亚群岛后，14小组的装备和15小组基本一致，但有部分队员身穿没有隔热能力的城市作战迷彩服。

第15小组

第15小组由A.J. Dutton领导，成员大多数是美国人。在AAF战败后，CTRG内部情报称东风设备被运到了塔诺亚，并被用以引发海啸。于是第15小组被部署到了塔诺亚群岛，调查设备的下落，以及自海啸以来一直让政府头疼的"辛迪加"。

和14小组不同的是，15小组的军服、巴拉克拉法帽和头盔采用热带雨林迷彩且都有隔热功能，穿上军服并戴上头盔和巴拉克拉法帽后无法被热感装置检测到。15小组成员主要使用SPAR系列步枪，但也有不少队员使用MX系列步枪和MAR-10射手步枪。

阿尔蒂斯反对力量

在2026年的政变后，Akhanteros上校的残忍行为引起了岛上很多人的反感。他们先后组织了两个准军事组织，对抗Akhanteros上校强硬的AAF。

政府支持者

政变后由叛逃的AAF士兵以及旧政府成员建立起来的准军事组织，领导为Hektor Anastas。他们由CTRG支持，为恢复民选政府而战斗。虽然在内战前期所向披靡，获得了不少胜利，但后期因为各种原因逐渐处于下风，最终被AAF镇压。

政府支持者使用的武器五花八门，有走私自CTRG和武器贩子的SPAR系列步枪、LIM-85机枪以及TRG系列无托步枪，也有AAF逃兵使用的Mk20无托步枪、Mk18 ABR步枪和RPG-42火箭筒，甚至还有民兵私藏的AK系列步枪、Zafir机枪以及RPG-7火箭筒。政府支持者的载具有改装了机枪或火箭筒的越野皮卡，也有更换了涂装的Gorgon装甲车。政府支持者的民兵一般穿着短袖长裤配战术背心，或者长袖风衣配条状子弹袋。AAF逃兵的穿着则搭配AAF军服的上衣、裤子，或者毛衣配AAF防弹背心。

FIA 

全称Freedom and Independence Army，内战后成立的游击队组织，成员大多数来自原先的政府支持者，领导为Kostas Stavrou。在AAF被击败前一直为推翻军政府而战斗着，和它的前辈一样接受了来自CTRG的支持。在耶路撒冷停火协议签署后，FIA曾多次袭击美军和AAF的车队，也绑架过AAF的飞行员。美军撤出阿尔蒂斯岛后，CSAT加快了对FIA的镇压行动，但也因此遭到了更大的抵抗，包括著名的Oreokastro事件(虽然主谋不一定是CSAT)。

"东风"剧情中，Kerry在被冲上岸后加入了FIA，随后和Kostas Stavrou一起打下了半个岛。他们还在夜间偷渡到了斯特拉蒂斯岛上，救回了之前因给特遣队幸存者提供援助而被捕的Nikos Panagopoulos。由于美军在攻击机场时误杀了Stavrou，Nikos接过了游击队的领导权。Kerry在换回美军装备后与FIA游击队会和，成为了美军和FIA间的联络人。过了一段时间后，FIA见证了Akhanteros的投降，9年的抗争终于有了结果。

由于目的已经达到，自然没有继续存在的必要，FIA战后宣布解散。Nikos成为了新政府的总统，有部分游击队员加入了新的政府，另外的则帮助重建AAF。虽然战争已经结束，但阿尔蒂斯在走向和平的路上还有很长一段路要走。

FIA的武器装备和服装相比起政府支持者来说没什么特别大的区别。但和前辈不同的是，FIA作为一个游击队组织，没有精力去维护装甲车等大型载具，尽管他们有时也会偷几辆CSAT的MRAP开开。

Gendarmerie (宪兵队)

地平线群岛的治安部队。

南太平洋大海啸后，塔诺亚岛上的犯罪组织辛迪加趁火打劫，宪兵队由于装备非常差而成为了辛迪加的受害者之一，不是被杀害就是被绑架，很快便损失惨重。

顶尖协议后，部署到地平线群岛的美军维和部队为逐渐重建的宪兵队提供武器、训练等支持，但随着疟疾的爆发而不得不终止。疟疾爆发后，宪兵队接受了CSAT的各种支持，负责在塔诺亚群岛维持秩序，同时对付新建立的游击队组织"大帮会"。

一般宪兵身穿蓝色警服配警用背心，头戴军帽、贝雷帽或凯夫拉头盔，特警则头戴滑冰盔和巴拉克拉法帽。机动队平时开着警用皮卡或警用面包车，但紧急情况下也会把车辆横在路中间当路障。在接受新式装备前，宪兵的武器只有Protector冲锋枪以及P07手枪，这使得他们难以对付拥有相对精良武器的辛迪加。顶尖协议后，宪兵换上了杀伤力更强的ADR-97，也有部分宪兵使用从辛迪加缴获的AK系列步枪和RPG-7V火箭筒。关卡守卫和特警接收了北约和CSAT的武器装备，包括MX、Promet、SPAR、Katiba和CAR。在宪兵队的关卡处还可以看到部分宪兵使用M2重机枪。

ION

原名黑色元素，为加拿大Vrana集团旗下的私人安保公司，专门为重要人物提供护送服务，有时也会被被派往危险地带进行侦查或营救。

2035年7月，随着美军逐渐撤出阿尔蒂斯和斯特拉蒂斯共和国，Vrana决定派出ION安保人员，但由于AAF对美军维和部队的突然袭击而不得不推迟。东风事件后，ION安保人员在阿尔蒂斯岛上担任当地重要人员(比如Nikos总统)的保镖，同时也为摩尔登岛和地平线群岛的重要人物提供安全保障。

ION的安保人员身穿平民服装配军用背心，头戴ION帽子，手持MX系列武器和Sting冲锋枪。进行射击训练时，他们身穿黄黑相间的T恤和专用腰带，头戴帽子和隔音耳罩，武器根据训练课程决定。ION使用各种各样的民用载具，其ASD分部则有先进的无人车。